1979 wurde Christian Kabitz zum Kantor an die St. Johanniskirche Würzburg berufen, dort leitet er Bachchor und Bachorchester Würzburg. In dieser Eigenschaft verantwortet er jährlich die Würzburger Bachtage, ein Musikfestival von überregionaler Bedeutung. 1982 war er künstlerischer Leiter des 57. Bachfestes der NBG, 1985 veranstaltete er ein großes, international besetztes Bach-Händel-Fest in Würzburg.

1984 wurde Kabitz aufgrund seiner Verdienste um die Kirchenmusik der Titel Kirchenmusikdirektor verliehen. 1986 erhielt er den Staatspreis des Freistaates Bayern als Dirigent; im selben Jahr wurde er zum künstlerischen Leiter des Bachchores Heidelberg ernannt. Dort dirigiert er fünf große Oratorienkonzerte pro Saison.

Seit 1988 ist Christian Kabitz auch künstlerischer Leiter des Frankfurter Cäcilien-Vereins, der durch seine renommierten Oratorien-Konzerte in der Alten Oper Frankfurt seit vielen Jahren das musikalische Leben der Stadt entscheidend mitprägt.